Die Qualitätssicherung überprüft, ob die in den Flurneuordnungsteams erarbeiteten Ergebnisse den gesetzlichen und sonstigen Vorgaben entsprechen.

Bestimmte Arbeitsschritte im Ablauf einer Flurneuordnung müssen von der oberen Flurbereinigungsbehörde, dem Landesamt für Geoinformation und Landentwicklung (LGL), genehmigt werden. Voraussetzung dafür ist die Prüfung der Unterlagen durch die Qualitätssicherung Flurneuordnung.

Der Querschnitt ist für die innere Organisation sowie die Erstellung und Überwachung des Amtshaushalts zuständig und übernimmt die Funktion des Bürgerreferenten.